Erzherzog Leopold war Fürst­bischof von Passau und wie sein kaiserlicher Bruder Ferdinand (II.) seit frühester Jugend dem Jesuitenorden aufs engste ver­bunden. In seiner Residenzstadt errichtete er 1612 eine Jesuiten­schule; ihre wirtschaftliche Basis suchte er mit der Übereignung des verlassenen Klosters Traunkirchen, das als Güter- und Rechtskomplex noch erhalten war, zu erweitern. Der Kaiser förderte das Vorhaben seines Bruders, als auch der Papst zustimmte, konnte am 14. Februar 1622 der feierliche Rechtsakt der Übergabe vollzogen werden.

Die Jesuiten richteten in den Klostergebäuden eine "Residenz" ein, eine kleine Niederlassung für einige wenige Patres und Laienbrüder. Die Pfarrseelsorge lag in den Händen des Vikars, eines Weltpriesters, die Patres waren Sonn- und Festtagsprediger, Beichtväter für das Volk und hatten sich um die Laienvereinigungen der Marianischen Kongregation und der Bruderschaft vom Guten Tod zu kümmern. Viel Zeit blieb für wissenschaftliche Tätigkeiten, be­son­ders für die Bibliothek und die Geschichtsschreibung - erhalten ist die Historia residentiae Traun­kirchenensis, eine Chronik, in der die denkwürdigen Ereignisse vermerkt wurden.

Schon 1631 begann man mit dem Bau der heutigen Kirche; als 1632 ein - nach dem Verdacht der Chronik vielleicht gelegter - Brand das Klostergebäude zerstörte, musste auch dieses wieder aufgebaut werden. Die frühbarocke Ausstattung der Kirche ist verloren; die heute das Innere des Gottes­hauses prägenden spätbarocken  Kunst­werke beginnen mit dem Johannes-Nepomuk-Altar  (1740), der Fischerkanzel  und dem Ignatius-Altar (beide 1753), 1754 folgte der Hochaltar, dessen von Josef Georg Schmidt gemaltes Bild den Heiligen Franz Xaver vor der Madonna mit dem Jesuskind darstellt.